В Красной Армии с октября 1935 года. В 1937 году окончил Качинскую военную авиационную школу пилотов. Служил на Дальнем Востоке лётчиком, командиром звена и заместителем командира эскадрильи в 402-м истребительном авиационном полку. В 1938 году участвовал в боевых действиях с японскими милитаристами у озера Хасан.

На фронтах Великой Отечественной войны с апреля 1943 года. Воевал заместителем и командиром эскадрильи, помощником командира авиаполка по воздушно-стрелковой службе на Северо-Кавказском, Южном, 4-м Украинском, 3-м и 1-м Белорусских фронтах. Член КПСС с 1943 года. В боях дважды ранен. Помощник командира 402-го истребительного авиационного полка по воздушно-стрелковой службе капитан Манукян к февралю 1945 года совершил 207 боевых вылетов на самолётах Як-1, Як-7, Як-9, Як-3, в 55 воздушных боях сбил 22 самолёта противника.

Всего за годы войны совершил свыше 250 боевых вылетов, в 60 воздушных боях лично сбил 26 самолётов противника. Во время штурмовых ударов уничтожил на земле ещё 13 самолётов, 17 автомашин, паровоз, 15 повозок, порядка 100 вражеских солдат и офицеров.

После войны служил командиром эскадрильи в Группе советских оккупационных войск в Германии (ГСОВГ). С 1949 года майор А.Б.Манукян - в запасе. Жил в Ереване, затем в Харькове. Окончил институт пищевой промышленности, работал директором хлебозавода. Последние годы возглавлял Харьковскую фабрику вторсырья. Умер 15 декабря 1981 года. Похоронен в Харькове на кладбище № 2.