Медаль учреждена Указом Президиума Верховного Совета СССР от 30 сентября 1945 г. Медалью «За победу над Японией» награждались: все военнослужащие и лица вольнонаемного штатного состава частей и соединений Красной Армии, Военно-Морского Флота и войск НКВД, принимавших непосредственное участие в боевых действиях против японских империалистов в составе войск 1-го Дальневосточного, 2-го Дальневосточного и Забайкальского фронтов, Тихоокеанского флота и Амурской речной флотилии; военнослужащие центральных управлений НКО, НКВМФ и НКВД, принимавшие участие в обеспечении боевых действий советских войск на Дальнем Востоке. Вручение медали «За победу над Японией» производилось от имени Президиума Верховного Совета СССР на основании документов, подтверждающих участие в боевых действиях против Японии, выдаваемых командирами войсковых частей и начальниками военно-лечебных заведений. Медаль «За победу над Японией” носится на левой стороне груди и при наличии других медалей СССР располагается после юбилейной медали «Сорок лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».

Медаль «За победу над Японией» изготовляется из латуни и имеет форму правильного круга диаметром 32 мм. На лицевой стороне медали профильное погрудное изображение Генералиссимуса Советского Союза Сталина И.В., повернутое вправо. В верхней части медали по окружности надпись «ЗА ПОБЕДУ НАД ЯПОНИЕЙ». На оборотной стороне медали надпись "3 СЕНТЯБРЯ 1945", над ней пятиконечная звездочка. Все надписи и изображения на медали выпуклые. Медаль при помощи ушка и кольца соединяется с пятиугольной колодочкой, обтянутой шелковой муаровой лентой шириной 24 мм. Посередине ленты широкая красная полоска, по обе стороны от нее: по одной белой полоске, по одной красной полоске и по одной узенькой белой полоске. Края ленты окаймлены узенькими желтыми полосками. Автор проекта медали – художник Лукина М.Л.

Лица, награжденные медалью «За победу над Японией», впоследствии имели право на награждение юбилейными медалями «Двадцать лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», «Тридцать лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», «Сорок лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.» и «Пятьдесят лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.». Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 февраля 1951 г. установлено, что медаль «За победу над Японией» и удостоверение к ней в случае смерти награжденного оставляются в его семье для хранения как память. До появления данного Указа сама медаль и удостоверение к ней после смерти награжденного возвращались государству. Медалью «За победу над Японией» награждено около 1 800 000 человек. Лицам, имеющим право на награждение медалью «За победу над Японией», вручалась особая справка, заверенная печатью воинской части или соединения, а также подписью командира. Лицам, не успевшим получить эту медаль в своей части в связи с переводом или демобилизацией, вручалась соответствующая справка, содержащая фразу "медаль при убытии из части не вручена". По предъявлению данной справки медаль могла быть вручена по новому месту службы, либо в военном комиссариате по месту жительства награжденного.